快播av 干货|手把手教你奈何使用TargetScan测度miRNA的靶基因

发布日期:2024-12-19 04:53    点击次数:66

快播av 干货|手把手教你奈何使用TargetScan测度miRNA的靶基因

一、浏览器搜索TargetScan.org/vert 7.1参预官网 

物种收录包括东说念主,大鼠,小鼠,线虫,果蝇,斑马鱼,牛,狗快播av,鸡等。 继承物种,输入基因名字miR-21-5p(以下输入位置均在红色方框内示意),点击submit。 

 

二、点击download table可下载列表 

测度到384个基因的转录本存在着指标miRNA(miR-21-5p)的保守议论位点,包含414个保守性议论位和138个非保守性议论位点。 

列表解读:

1.Number of 3P-seq tags supporting UTR+5,示意mRNA切割和聚腺苷酸化位点;

2.Link to sites in UTRs:在UTR中的议论位点;

miRNA 5’端 第2-8 个碱基被称为种子序列(种子序列与靶基因的序列互补是 miRNA靶基因测度软件顺从的最迫切旨趣):

⑴ offset 6mer site: miRNA 5’端 第3-8个碱基与靶基因互补配对(mer指的是配对的核苷酸,6mer即6个碱基互补配对); 

⑵ 6mer site: miRNA 5’端 第2-7个碱基与靶基因互补配对(通盘6mer位点齐被归类为非保守性议论位点);

⑶ 7mer-A1 site: miRNA 5’端 第2-7个碱基与靶基因互补配对,且靶基因对应 miRNA5’端 第1个碱基位置是A; 

⑷ 7mer-m8 site: miRNA 5’端 第2-8个碱基与靶基因互补配对 ;

⑸ 8mer site:miRNA 5’端 第2-8个碱基与靶基因互补配对,且靶基因对应miRNA5’端第1个碱基位置是A 。

议论位点特异性:8mer > 7mer-m8 > 7mer-A1 > 6mer

3.Conserved sites、Poorly conserved sites、6mer sites议论位点;

4.Representative miRNA:miRNA称号

5.终末四栏为议论位点评分:

Cumulative weighted context++ score:累计加权分值,数字越小,靶点可能性越大;

Total context++ score:总评分值,数字越小,靶点可能性越大;

Aggregate PCT:种间进化保守打算的分值,分值越高,保守性越广;

露出勾引

Previous TargetScan publication(s):报说念该靶点测度的参考文件。

三、点击Sites in UTR(议论位点) 

以miRNA的靶基因为ZNF367为例,参预以下页面,页面上方秀雅了靶基因称号,转录本,3UTR的长度,下拉页面即可看到miR-21-5p与ZNF367基因的保守性和非保守性议论位点: 

 

议论位点的分值评估解读:

1. Predicted consequential pairing of target region (top) and miRNA (bottom):白色部分示意靶向区域与miRNA的议论位点;

2. Context++ score:总计值越大,置信度越高;

3. Context++ score percentile:数值越围聚100,置信度越高;

4. Weighted context++ score:各转录本3’UTR加权分值,数值越小,置信度越高;

5. Conserved branch length:每个议论位点在物种之间的系统发育分支长度的总额,与位点类型干系; 

6. PCT:物种间进化评分值,数值越接近1,保守性越广。 

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